Πολλές φορές οι ασθενείς αναρωτιούνται αν χρειάζεται να διακόψουν τα αλλοπαθητικα φάρμακα που λαμβάνουν κατά τη διάρκεια της Ομοιοπαθητικής θεραπείας ή γενικότερα πώς μπορούν να συνδυασθούν τα φάρμακα που ήδη παίρνουν με τα ομοιοπαθητικά φάρμακα. Η απάντηση εξαρτάται από την κάθε περίπτωση.
Γενικά, αλληλεπίδραση μεταξύ ομοιοπαθητικών και άλλων φαρμάκων δεν υπάρχει, εκτός από κάποιες μεμονωμένες περιπτώσεις φαρμάκων (π.χ. κορτιζόνη ή αντιβιοτικά) τα οποία μπορούν να αναστείλουν πρόσκαιρα την Ομοιοπαθητική θεραπεία.
Όπως και να έχει, ποτέ δε διακόπτεται κάποιο φάρμακο απαραίτητο για τον ασθενή, ενώ το ευρύτερο θεραπευτικό σχήμα καθορίζεται κατόπιν συνεννοήσεως των ειδικών ιατρών.
Η Ομοιοπαθητική είναι ένα θαυμάσιο σύστημα πρόληψης και θεραπείας, αλλά όχι πανάκεια. Ο ίδιος ο Ομοιοπαθητικός ιατρός πρέπει να γνωρίζει τα όρια του και να κατευθύνει τη συνεργασία των θεραπευτικών προσεγγίσεων προς το συμφέρον του ασθενή.